Daerah Istimewa Yogyakarta keberadaannya dalam konteks historis dimulai dari sejarah berdirinya Kasultanan Ngayogyakarta Hadiningrat berdasarkan Perjanjian Giyanti 1755. Berawal dari sini muncul suatu sistem pemerintahan yang teratur dan kemudian berkembang, hingga akhirnya sebagai Daerah Istimewa Yogyakarta yang merupakan suatu bagian dari Negara Kesatuan Republik Indonesia (NKRI). Kasultanan Ngayogyakarta Hadiningrat didirikan pada tahun 1755 oleh Pangeran Mangkubumi yang bergelar Sultan Hamengku Buwono I, sedangkan Kadipaten Pakualaman didirikan pada tahun 1813 oleh Pangeran Notokusumo (saudara Sultan Hamengku Buwono II) yang bergelar Adipati Paku Alam I.

Sejak berdirinya,baik Kasultanan maupun Kadipaten adalah pemerintahan kerajaan yang diakui kedaulatannya. Pada masa kolonial Belanda, pemerintahan di Kasultanan Yogyakarta diatur kontrak politik yang dilakukan pada tahun 1877, 1921, dan 1940, antara Sultan dengan Pemerintah Kolonial Belanda. Hal ini menunjukkan bahwa Keraton tidak tunduk begitu saja kepada Belanda. Pemerintah Hindia Belanda mengakui Kasultanan Ngayogyakarta Hadiningrat dan Kadipaten Pakualaman sebagai kerajaan yang berhak mengatur dan mengurus rumah tangga pemerintahannya sendiri yang dikenal dengan istilah zilfbesturende landschappen. Kontrak politik terakhir Kasultanan Ngayogyakarta tercantum dalam Staatsblaad 1941 Nomor 47, sedangkan kontrak politik Kadipaten Pakualaman dalam Staatsblaad 1941 Nomor 577.

Pada masa pendudukan Jepang, Yogyakarta diakui sebagai Daerah Istimewa atau Kooti dengan Koo sebagai kepalanya, yakni Sri Sultan Hamengku Buwono IX. Di bawah Kooti, secara struktural ada wilayah-wilayah pemerintahan tertentu dengan para pejabatnya.

Setelah Proklamasi Kemerdekaan Republik Indonesia (RI), Sri Sultan Hamengku Buwono IX dan Sri Paku Alam VIII menyatakan kepada Presiden RI bahwa Daerah Kasultanan Ngayogyakarta Hadiningrat dan Daerah Kadipaten Pakualaman menjadi wilayah Negara RI, bergabung menjadi satu kesatuan yang dinyatakan sebagai Daerah Istimewa Yogyakarta (DIY). Sri Sultan Hamengku Buwono IX dan Sri Paku Alam VIII sebagai Kepala Daerah dan Wakil Kepala Daerah bertanggung jawab langsung kepada Presiden RI. Hal tersebut dinyatakan dalam:

1. Piagam Kedudukan Sri Sultan Hamengku Buwono IX dan Sri Paku Alam VIII tertanggal 19 Agustus 1945 dari Presiden RI;
2. Amanat Sri Sultan Hamengku Buwono IX dan Sri Paku Alam VIII tertanggal 5 September1945 (dibuat secara terpisah);
3. Amanat Sri Sultan Hamengku Buwono IX dan Sri Paku Alam VIII tertanggal 30 Oktober1945 (dibuat dalam satu naskah).

Keunikan pengalaman Yogyakarta merupakan salah satu fakta yang menjadikannya sebagai daerah istimewa. Dalam proses perkembangan pemerintahannya, Yogyakarta berproses dari tipe pemerintahan feodal dan tradisional menjadi suatu pemerintahan dengan struktur modern.

Dalam perkembangan dan dinamika negara bangsa terdapat keterkaitan yang erat antara Republik Indonesia dan DIY. Entitas DIY mempunyai aspek politis-yuridis berkaitan dengan sejarah berdirinya yang merupakan wujud pengintegrasian diri dari sebuah kerajaan ke dalam Negara Kesatuan Republik Indonesia.

Undang-Undang Nomor 3 Tahun 1950 tentang Pembentukan Daerah Istimewa Yogyakarta merupakan respons atas eksistensi DIY dan juga merupakan pengakuan kewenangan untuk menangani berbagai urusan dalam menjalankan pemerintahan serta urusan yang bersifat khusus. Undang-Undang ini telah diubah dan ditambah, terakhir kali dengan Undang-Undang Nomor 9 Tahun 1955 (Lembaran Negara Tahun 1959 Nomor 71, Tambahan Lembaran Negara Nomor 1819) yang sampai saat ini masih berlaku. Dalam Undang-Undang tersebut dinyatakan bahwa DIY merupakan daerah setingkat provinsi dan meliputi bekas Daerah Kasultanan Ngayogyakarta Hadiningrat dan Daerah Kadipaten Pakualaman. Pada setiap Undang-Undang yang mengatur Pemerintahan Daerah, dinyatakan keistimewaan DIY tetap diakui.

Dalam rangka perubahan dan penyesuaian serta penegasan Keistimewaan DIY Pemerintah telah menetapkan Undang-Undang Nomor 13/2012 Tentang Keistimewaan DIY yang disahkan 31 Agustus 2012 dan diundangkan pada tanggal 3 September 2012.

Pengaturan Keistimewaan DIY bertujuan untuk mewujudkan tata pemerintahan yang baik dan demokratis, ketentraman dan kesejahteraan masyarakat, menjamin ke-bhineka-tunggal-ika-an, dan melembagakan peran dan tanggung jawab Kasultanan dan Kadipaten dalam menjaga dan mengembangkan budaya Yogyakarta yang merupakan warisan budaya bangsa. Pengaturan tersebut berlandaskan atas pengakuan atas hak asal-usul, kerakyatan, demokrasi, kebhineka-tunggal-ika-an efektivitas pemerintahan, kepentingan nasional dan pendayagunaan kearifan lokal. Oleh karenanya dengan memperhatikan aspek historis, sosiologis, dan yuridis substansi Keistimewaan DIY diletakkan pada tingkatan pemerintah provinsi.

Kewenangan dalam urusan Kestimewaan seperti yang tertuang dalam Undang-Undang Nomor 13 Tahun 2012 Pasal 7 ayat 2 meliputi : tata cara pengisian jabatan, kedudukan, tugas dan wewenang Gubernur dan Wakil Gubernur; kelembagaan Pemerintah Daerah DIY; kebudayaan; pertanahan; dan tata ruang. Dengan demikian, Pemerintah Daerah mempunyai kewenangan yang meliputi kewenangan urusan Keistimewaan berdasarkan Undang-Undang Nomor 13 Tahun 2012 dan kewenangan berdasarkan Undang-Undang Nomor 32 Tahun 2004 tentang Pemerintah Daerah. Sesuai dengan UU No 32 tahun 2004, maka posisi DIY sebagai daerah yang setara dengan provinsi mengandung arti bahwa Gubernur merupakan Kepala Daerah Otonom dan sekaligus wakil pemerintah pusat di daerah.